Η ρευματοειδής αρθρίτιδα (ΡΑ) αποτελεί μία χρόνια αυτοάνοση φλεγμονώδη νόσο, στην οποία η κατανόηση των κυτταρικών και μοριακών μηχανισμών δεν έχει αποσαφηνιστεί πλήρως. Η παρούσα διπλωματική εργασία διερευνά τον ρόλο των SPP1-associated μακροφάγων σε ασθενείς με ρευματοειδή αρθρίτιδα και αξιολογεί μεταγραφικές υπογραφές που σχετίζονται με μηχανισμούς της νόσου αλλά και τη θεραπευτική ανταπόκριση. Για τον σκοπό αυτό αναλύθηκε το μονοκυτταρικό dataset GSE296117, ενώ τα ευρήματα αξιολογήθηκαν περαιτέρω στα ανεξάρτητα bulk RNA-seq datasets GSE89408, GSE198520 και GSE21537. Όλες οι βιοπληροφορικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν στο περιβάλλον R. Ταυτοποιήθηκαν 17 υποπληθυσμοί μακροφάγων, από τους οποίους οι υποπληθυσμοί 0, 4, 8 και 9 παρουσίασαν χαρακτηριστικά συμβατά με SPP1-associated φαινότυπο. Με βάση τους πληθυσμούς αυτούς αναπτύχθηκαν τέσσερις μεταγραφικές υπογραφές, οι οποίες αξιολογήθηκαν ως προς τη βιολογική και την πιθανή προγνωστική τους αξία. Η εφαρμογή τους στα ανεξάρτητα datasets υποστήριξε τη συσχέτισή τους με τη ρευματοειδή αρθρίτιδα και υπέδειξε πιθανή σχέση με τη θεραπευτική ανταπόκριση.Tα ευρήματα της παρούσας εργασίας υποστηρίζουν τον πιθανό ρόλο των SPP1-associated μακροφάγων στην παθογένεια της ρευματοειδούς αρθρίτιδας και αναδεικνύουν τη χρησιμότητα της μονοκυτταρικής μεταγραφωματικής και της ολοκληρωμένης βιοπληροφορικής ανάλυσης στην ανακάλυψη νέων υποψήφιων βιοδεικτών.

Rheumatoid arthritis (RA) is a chronic autoimmune inflammatory disease whose underlying cellular and molecular mechanisms have not yet been fully elucidated. The present thesis investigates the role of SPP1-associated macrophages in patients with rheumatoid arthritis and evaluates transcriptional signatures associated with disease mechanisms and therapeutic response.To address this objective, the single-cell RNA sequencing dataset GSE296117 was analyzed, while the findings were further evaluated using the independent bulk RNA-seq datasets GSE89408, GSE198520, and GSE21537. All bioinformatics analyses were performed in the R programming environment.A total of 17 macrophage subpopulations were identified, of which clusters 0, 4, 8, and 9 exhibited characteristics consistent with an SPP1-associated phenotype. Based on these subpopulations, four transcriptional signatures were developed and evaluated for their biological relevance and potential prognostic value. Application of these signatures to independent datasets supported their association with rheumatoid arthritis and suggested a potential relationship with therapeutic response.Overall, the findings of this study support the potential role of SPP1-associated macrophages in the pathogenesis of rheumatoid arthritis and highlight the value of single-cell transcriptomics and integrative bioinformatics analyses for the identification of novel candidate biomarkers.