Οι ζωονόσοι των κτηνοτροφικών ζώων, αποτελούν παγκόσμια πρόκληση, με επιπτώσεις στην υγεία των ζώων και του ανθρώπου, την ασφάλεια των τροφίμων και την οικονομία. Προκαλούνται από μια μεγάλη ποικιλία παθογόνων μικροοργανισμών και η εμφάνιση και διασπορά τους ευνοείται από παράγοντες όπως η εντατική κτηνοτροφία, τα ανεπαρκή μέτρα βιοασφάλειας, η κλιματική αλλαγή και η αυξημένη μετακίνηση ζώων και ανθρώπων, καθιστώντας αναγκαία την ταχεία και αξιόπιστη διάγνωσή τους.

Στην παρούσα διπλωματική εργασία περιγράφονται και αξιολογούνται οι μοριακές μέθοδοι και τεχνολογίες που αξιοποιούνται στη διάγνωση των ζωονόσων στα κτηνοτροφικά ζώα, αναδεικνύοντας τις αρχές λειτουργίας τους καθώς και τα πλεονεκτήματα και τους περιορισμούς τους. Παράλληλα, παρουσιάζονται ενδεικτικές εφαρμογές σε περιπτώσεις ανίχνευσης ζωονόσων των κτηνοτροφικών ζώων και αναπτύσσονται δενδρογράμματα λήψης αποφάσεων για περιπτώσεις γνωστών και άγνωστων παθογόνων στόχων, με σκοπό την υποστήριξη της επιλογής της κατάλληλης διαγνωστικής μεθόδου, λαμβάνοντας υπόψη τους διαθέσιμους πόρους, τον απαιτούμενο χρόνο και τις διαγνωστικές υποδομές. Συνολικά, τονίζεται ότι η επιλογή της μοριακής προσέγγισης θα πρέπει να προσαρμόζεται στο διαγνωστικό πλαίσιο και στα χαρακτηριστικά της εκάστοτε ζωονόσου, με στόχο τη βελτίωση της διάγνωσης, της επιτήρησης, της διαχείρισης και της πρόληψής της.

Livestock zoonoses pose a significant global challenge, affecting animal and human health, food safety and the economy. These zoonoses are caused by a wide range of pathogens, and their emergence and spread are favored by intensive farming practices, inadequate biosecurity measures, climate change and increased cross-border movement of animals and people, featuring the need for rapid and reliable diagnostic approaches.

This thesis describes and evaluates the molecular methods and technologies used in the diagnosis of livestock zoonotic diseases, highlighting their principles as well as their advantages and limitations. In addition, indicative applications in cases of detection of livestock zoonoses are presented and decision-making flowcharts are developed for cases of known and unknown pathogenic targets, aiming to support the selection of the most appropriate diagnostic methods, taking into account available resources, time constraints and diagnostic infrastructure. Overall, the thesis underscores that the choice of molecular approach should be adapted to the diagnostic framework and the features of each zoonotic disease, aiming to improve its diagnostic accuracy, surveillance, management and prevention.