Η παρούσα διπλωματική εργασία εξετάζει τον επιπολασμό Gram-αρνητικών παθογόνων
βακτηρίων (Vibrio harveyi, Pasteurella spp., Aeromonas spp., Photobacterium damselae) σε μεσογειακά είδη ιχθυοκαλλιέργειας, με τη χρήση μοριακών (RT-qPCR) και
βιοχημικών τεχνικών MicrogenTM GnA-GnB. Τα δείγματα της μελέτης προήλθαν από
διάφορες γεωγραφικές περιοχές της Ελλάδας , ενώ οι δειγματοληψίες πραγματοποιήθηκαν από Μάρτιο έως Ιούνιο 2024. Τα αποτελέσματα αναδεικνύουν τη διαφοροποίηση της παθογόνου παρουσίας μεταξύ περιοχών και ειδών, υποδεικνύοντας την υψηλή συχνότητα ανίχνευσης της Pasteurella spp. και Aeromonas spp, σε αντίθεση με τα υπόλοιπα παθογόνα που δεν ανιχνεύθηκαν.

Η μελέτη ανέδειξε την αξία της RT-qPCR ως μεθόδου υψηλής ευαισθησίας και ακρίβειας για την έγκαιρη ανίχνευση παθογόνων, ενώ η συμπληρωματική χρήση βιοχημικών τεχνικών ενίσχυσε τη διαγνωστική αξιοπιστία. Παράλληλα, καταγράφηκαν προκλήσεις όπως η γεωγραφική ετερογένεια στην παρουσία παθογόνων και η εμφάνιση ανθεκτικών στελεχών λόγω της υπερβολικής χρήσης αντιβιοτικών.

Τα αποτελέσματα υπογραμμίζουν την ανάγκη για ολοκληρωμένες στρατηγικές διαχείρισης, που περιλαμβάνουν τη χρήση εμβολίων, την εφαρμογή βιώσιμων πρακτικών εκτροφής και τη μείωση της χρήσης αντιβιοτικών. Επίσης, προτείνεται η αξιοποίηση ψηφιακών συστημάτων παρακολούθησης και η ενίσχυση της έρευνας στη γενετική ανθεκτικότητα των ειδών.

Η εργασία συμβάλλει σημαντικά στην κατανόηση της δυναμικής των λοιμώξεων στις υδατοκαλλιέργειες και θέτει τη βάση για την ανάπτυξη καινοτόμων εργαλείων και πρακτικών, με στόχο τη βιώσιμη ανάπτυξη του κλάδου και την προστασία της υγείας των εκτρεφόμενων ειδών.

This thesis examines the prevalence of Gram-negative pathogenic bacteria (Vibrio harveyi, Pasteurella spp., Aeromonas spp., Photobacterium damselae) in Mediterranean aquaculture species, employing molecular (RT-qPCR) and biochemical methodologies.
Samples were obtained from many parts of Greece from March to June 2024. Results
indicated notable regional and species-specific disparities in pathogen abundance, with
Pasteurella spp. and Aeromonas spp. being the most commonly identified, whilst other
infections were absent.
The research emphasized the significance of RT-qPCR as a highly sensitive and precise
technology for early pathogen identification, augmented by biochemical methods that
improved diagnostic dependability. Challenges encompassed geographical variability in
disease distribution and the establishment of resistant strains because to excessive
antibiotic utilization.
The findings underscore the necessity for cohesive management measures, encompassing vaccine research, the adoption of sustainable farming methods, and diminished dependence on antibiotics. Furthermore, the implementation of digital monitoring systems and additional research into species' genetic resistance are advised.
This study considerably enhances the comprehension of infection dynamics in aquaculture and establishes a basis for the creation of innovative instruments and techniques intended to advance the sector sustainably and safeguard the health of farmed species.