Ανάλυση και εξήγηση RNA γεγονότων ματίσματος σε ανθρώπινο καρκίνο στομάχου υπό τη ρύθμιση της hnRNPM ως απόκριση σε μιτοχονδριακό στρες

Analysis and interpretation of RNA splicing event in human gastric cancer mediated by hnRNPM in response to mitochondrial stress (Αγγλική)

  1. MSc thesis
  2. Ποτήρη, Μυρτώ
  3. Βιοπληροφορική και Νευροπληροφορική (ΒΝΠ)
  4. 31 Ιουλίου 2021 [2021-07-31]
  5. Αγγλικά
  6. 51
  7. Νικολάου, Χριστόφορος
  8. Κονδυλάκης, Χαρίδημος | Βλάμος, Παναγιώτης
  9. Εναλλακτικό Μάτισμα | Alternative Splicing | hnRNPM Πρωτεΐνη | hnRNPM Protein | Μιτοχονδριακό Στρες | Mitochondrial Stress
  10. 42
  11. Περιέχει : πίνακες, εικόνες, κώδικα
    • Το εναλλακτικό μάτισμα θεωρείται ζωτικής σημασίας διαδικασία όσον αφορά την ποικιλομορφία των πρωτεϊνών και την προσαρμογή στις κυτταρικές ανάγκες καθώς πιστεύεται ότι περισσότερο από το 95% των ανθρώπινων γονιδίων υφίσταται εναλλακτικό μάτισμα. Η ετερογενής πυρηνική ριβονουκλεοπρωτεΐνη Μ (hnRNPM) είναι ένας σημαντικός ρυθμιστής ματίσματος και πρωτεΐνη δέσμευσης RNA, που βρέθηκε να εμπλέκεται στη σύνδεση μεταξύ των μιτοχονδρίων και του πυρήνα. Υπό συνθήκες στρες, η hnRNPM παρατηρήθηκε ότι μετατοπίζεται στην πυρηνική μήτρα και αναστέλλεται η συνολική ικανότητα ματίσματος. Σε αυτή τη διατριβή, εξετάζεται η επικοινωνία μεταξύ μιτοχονδρίων και hnRNPM, μέσω ανάλυσης αλληλούχισης δεδομένων RNA. Κύτταρα ΜΚΝ45 επιμολύνθηκαν με hnRNPM siRNA ή siRNA control και μετά υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με αντιμυκίνη-Α, ένα μεσολαβητή μιτοχονδριακού στρες ή με DMSO, ως αντιδραστήριο ελέγχου. Αυτή η εργασία περιλαμβάνει ανάλυση διαφορικής έκφρασης καθώς εντοπισμό των εναλλακτικών συμβάντων ματίσματος μέσω σύγκρισης δειγμάτων.
    • Alternative splicing is considered a vital process regarding protein diversity and adjustment to the cellular needs as more than 95% of the human genes are believed to be alternatively spliced. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M (hnRNPM) is a vital splicing regulator and RNA-binding protein, found to be involved in the crosstalk between mitochondria and the nucleus. Upon stress conditions, hnRNPM was observed to translocate to the nuclear matrix and the overall splicing ability to be inhibited. In this thesis, the communication between mitochondria and hnRNPM is examined, through RNA sequencing dataset analysis. MKN45 cells were transfected with hnRNPM siRNA or control siRNA and then treated with antimycin-A, a mitochondrial stress mediator, or DMSO, as a control reagent. This project includes differential expression analysis as well as the acquirement of alternative splicing events through sample comparison.
  13. Items in Apothesis are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.