Η υπογονιμότητα αποτελεί ένα ταχέως κλιμακούμενο πρόβλημα δημόσιας υγείας που επηρεάζει περίπου το 17,5% των ατόμων αναπαραγωγικής ηλικίας παγκοσμίως. Παρά τις σημαντικές προόδους στις τεχνολογίες υποβοηθούμενης αναπαραγωγής, η κατανόηση των μοριακών μηχανισμών που διέπουν τις αναπαραγωγικές διαταραχές παραμένει ελλιπής. Τα μηκωδικοποιούντα RNA (ncRNAs) —microRNAs, long non-coding RNAs, circular RNAs και piRNAs—έχουν αναδειχθεί τα τελευταία χρόνια σε σημαντικούς επιγενετικούς ρυθμιστές της αναπαραγωγικής φυσιολογίας.Η παρούσα εργασία αποτελεί συστηματική βιβλιογραφική ανασκόπηση, βασισμένη στις κατευθυντήριες οδηγίες PRISMA, η οποία συνθέτει τα ευρήματα πρόσφατων ερευνών (2015–2025) από τις βάσεις δεδομένων PubMed, Scopus και Web of Science. Στόχος της είναι η διερεύνηση του ρόλου των ncRNAs στη γαμετογένεση, τον ωοθυλακικό κύκλο, τη δεκτικότητα του ενδομητρίου και την πρώιμη κύηση, καθώς και η ανάλυση της εμπλοκής τους στην παθογένεια ενδοκρινικών διαταραχών όπως το Σύνδρομο Πολυκυστικών Ωοθηκών (PCOS), η Πρόωρη Ωοθηκική Ανεπάρκεια (POI), ο ανδρικός υπογοναδισμός και η ενδομητρίωση.Τα ευρήματα δείχνουν ότι συγκεκριμένα miRNAs (miR-34/449, miR-93, miR-21, miR-22-3p) ρυθμίζουν βασικά μονοπάτια σηματοδότησης στα κοκκιώδη κύτταρα και τη στεροειδογένεση, ενώ τα piRNAs διαφυλάσσουν τη γονιδιωματική ακεραιότητα κατά τη σπερματογένεση. Τα circRNAs λειτουργούν ως «μοριακοί σπόγγοι» μέσω του μηχανισμού ceRNA, ρυθμίζοντας μονοπάτια όπως το Wnt/β-catenin. Ιδιαίτερα σημαντικό είναι το διαγνωστικό δυναμικό των κυκλοφορούντων ncRNAs ως μη-επεμβατικών βιοδεικτών σε βιολογικά υγρά (ορός, ωοθυλακικό υγρό), που προσφέρουν τη δυνατότητα «υγρών βιοψιών» για την εκτίμηση του ωοθηκικού αποθέματος και την πρόβλεψη αποτελεσμάτων IVF.Συμπερασματικά, τα ncRNAs θεωρούνται σημαντικοί υποψήφιους στόχους τόσο για τη διαγνωστική όσο και για μελλοντικές θεραπευτικές εφαρμογές (miRNA mimics/antagomirs) στην αναπαραγωγική ενδοκρινολογία, θέτοντας τις βάσεις για εξατομικευμένη ιατρικής.

Infertility constitutes a rapidly escalating public health challenge, affecting approximately 17.5% of individuals of reproductive age worldwide. Despite significant advances in assisted reproductive technologies, the molecular mechanisms underlying reproductive disorders remain insufficiently understood. Non-coding RNAs (ncRNAs) —including microRNAs, long non-coding RNAs, circular RNAs, and piRNAs— have recently emerged as central epigenetic regulators of reproductive physiology.This thesis is a systematic literature review conducted according to the PRISMA guidelines, synthesizing findings from recent studies (2015–2025) sourced from PubMed, Scopus, and Web of Science. Its objective is to investigate the role of ncRNAs in gametogenesis, the ovarian cycle, endometrial receptivity, and early pregnancy, as well as to analyze their involvement in the pathogenesis of endocrine disorders such as Polycystic Ovary Syndrome (PCOS), Premature Ovarian Insufficiency (POI), male hypogonadism, and endometriosis.The findings reveal that specific miRNAs (miR-34/449, miR-93, miR-21, miR-22-3p) regulate critical signaling pathways in granulosa cells and steroidogenesis, while piRNAs safeguard genomic integrity during spermatogenesis. Circular RNAs function as "molecular sponges" through the ceRNA mechanism, modulating pathways such as Wnt/β-catenin. Of particular significance is the diagnostic potential of circulating ncRNAs as non-invasive biomarkers in biological fluids (serum, follicular fluid), enabling "liquid biopsies" for the assessment of ovarian reserve and prediction of IVF outcomes.In conclusion, ncRNAs emerge as highly promising targets for both diagnostic and future therapeutic applications (miRNA mimics/antagomirs) in reproductive endocrinology, paving the way toward a new era of personalized medicine.