Υπολογιστικές μέθοδοι για την επαναστόχευση φαρμάκων στη θεραπεία Alzheimer

Mathematical models of drug repurposing in Alzheimer disease (Αγγλική)

  1. MSc thesis
  2. ΕΥΔΟΚΙΑ ΠΑΤΡΙΚΙΑΔΟΥ
  3. Βιοπληροφορική και Νευροπληροφορική (ΒΝΠ)
  4. 20 Ιουλίου 2024
  5. Ελληνικά
  6. 90
  7. Βραχάτης Αριστείδης
  8. Βραχάτης, Αριστείδης | Ματζάκος Νικόλαος, Χατζηνικολάου Μαρία
  9. Alzheimer, Επαναστόχευση φαρμάκων, Πρωτεϊνικά δίκτυα αλληλεπίδρασης, Πρωτεινικές βάσεις δεδομένων
  10. Μαθηματική Μοντελοποίηση στη Βιολογία, ΒΝ50
  11. 2
  12. 2
  13. 32
    • Η νόσος Alzheimer είναι µια νευροεκφυλιστική νόσος η οποία είναι ιδιαίτερα εξαπλωµένη τις τελευταίες δεκαετίες στον δυτικό κόσµο. Η ασθένεια αυτή πλήττει ανθρώπους διαφόρων ηλικιών µε τον ρυθµό εξέλιξης της να διαφέρει σηµαντικά ανάµεσα στους ασθενείς οι οποίοι ήδη από νεαρές ηλικίες εµφανίζουν διαφορετικά συµπτώµατα. Τα εγκεκριµένα φάρµακα που χορηγούνται επιτυγχάνουν πολλές φορές να διατηρήσουν την κατάσταση του ασθενούς σταθερή αλλά τις περισσότερες φορές η φαρµακευτική αγωγή δεν καταφέρνει να εµποδίσει την εξέλιξη της νόσου, καθώς κάθε ασθενής παρουσιάζει πολλές ιδιαιτερότητες οι οποίες σε συνδυασµό µε την ασθένεια την καθιστούν ανεπαρκή και ακατάλληλη. Προκειµένου να καλυφθούν οι ιδιαιτερότητες όσο το δυνατόν περισσότερων ασθενών έχει δηµιουργηθεί η ανάγκη για σχεδιασµό καινούριων φαρµάκων τα οποία θα επιτυγχάνουν τη θεραπεία της νόσου, µε όσο το δυνατόν λιγότερες παρενέργειες για τον κάθε ασθενή ξεχωριστά. Παραδοσιακά ο σχεδιασµός των νέων φαρµάκων γίνεται εργαστηριακά, πλέον όµως υπάρχει η δυνατότητα να χρησιµοποιηθούν φάρµακα εγκεκριµένα για άλλες ασθένειες, διαδικασία η οποία έχει πολλά πλεονεκτήµατα. Η επαναστόχευση φαρµάκων, όπως ονοµάζεται η διαδικασία αυτή, είναι ιδιαίτερα διαδεδοµένη τα τελευταία χρόνια και επιτυγχάνεται µε υπολογιστικές µεθόδους. Ο σκοπός της εργασίας αυτής είναι να προτείνει µια µεθοδολογία εύρεσης φαρµάκων για τη νόσο Alzheimer, τα οποία ήδη κυκλοφορούν στην αγορά για τη θεραπεία άλλων ασθενειών, αφού µελετηθεί η συµπεριφορά τους µέσα από δηµόσιες βάσεις δεδοµένων (STITCH Database και DRUGBANK Online) και γίνει η συσχέτισή τους µε την επιθυµητή συµπεριφορά ενός κατάλληλου φαρµάκου κατά της νόσου Alzheimer. Η µεθοδολογία που χρησιµοποιήθηκε βασίζεται στην κατασκευή γράφων και στη µελέτη πρωτεινικών δικτύων αλληλεπίδρασης, µέσω του προγράµµατος SocNetV, µε πληροφορίες που συσχετίζουν τα φάρµακα µε τις πρωτείνες-στόχους, αρχικά των εγκεκριµένων φαρµάκων και στη συνέχεια των υποψηφίων. Στη συνέχεια τα αποτελέσµατα από την µελέτη των πρωτεινικών δικτύων διευρευνώνται σε σχέση µε την βιολογική και χηµική συµπεριφορά κάθε φαρµάκου. Τέλος, µέσω της µεθοδολογίας αυτής µπορούν να προταθούν φάρµακα τα οποία φαίνεται να έχουν τα καταλληλότερα χαρακτηριστικά.


    • Alzheimer disease is a neurodegenerative disorder that has been increasingly prevalent in the western world in recent decades. The disease affects patients of different ages, and the rate of progression varies considerably between patients, resulting in different symptoms already at younger ages. The approved medications are often able to keep the patient's condition stable but in most cases they are unable to prevent the progression of the disease as each patient presents many characteristics which in combination with the disease make them inadequate and inappropriate. In order to cover the specificities of as many patients as possible, it is necessary to design new drugs that achieve their goal, with as few side effects as possible for each individual patient. Traditionally, the design of new drugs has been carried out in laboratories, but it is now possible to use drugs that have been approved for other diseases, a process that has many advantages. Drug repurposing, as this process is called, has become widespread in recent years and is carried out using computationalmethods. The aim of this work is to propose a methodology of searching drugs for Alzheimer disease, that are already available for the treatment of other diseases, after studying their behaviour through public databases (STITCH Database and DRUGBANK Online) and correlating them with the desired behaviour of a suitable drug against Alzheimer disease. This methodology is based on the construction and study of protein networks, through the SocNetV programme, with information relating drugs to target proteins, first of approved drugs and then of candidates. The results of the protein network study are then refined in relation to the biological and pharmaceutical behaviour of each drug. Finally, through this methodology drugs that appear to have the most suitable properties can be proposed.


  14. Hellenic Open University
  15. Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Διεθνές