Το βαμβάκι αποτελεί μια σημαντική καλλιέργεια για τον άνθρωπο, αφού από αυτό αξιοποιεί τις ίνες και τα υποπροϊόντα του, για την ένδυση και τη διατροφή του. Διαγονιδιακό τροποποιημένο βαμβάκι, δημιουργήθηκε και καλλιεργήθηκε για πρώτη φορά, το 1996 στην Αυστραλία. Έκτοτε, έχουν δημιουργηθεί αρκετές ποικιλίες γενετικώς τροποποιημένου βαμβακιού, με ανθεκτικότητα σε αβιοτικούς παράγοντες, όπως η ξηρασία και οι υψηλές θερμοκρασίες ή και σε βιοτικούς παράγοντες, όπως είναι τα έντομα εχθροί. Οι ποικιλίες αυτές καλλιεργούνται κυρίως στις χώρες του Τρίτου Κόσμου, όπως η Ινδία και το Μεξικό, ενώ εισαγωγή τους στην Ευρωπαϊκή Ένωση απαιτεί ακόμα χρόνο. Επομένως, προκύπτει η ανάγκη, ανίχνευσης και εντοπισμού, των ποικιλιών αυτών αλλά και των προϊόντων τους. Για το σκοπό αυτό έχουν αναπτυχθεί, μοριακές μέθοδοι, οι οποίες βασίζονται στην ταυτοποίηση των γενετικώς τροποποιημένων οργανισμών, από την ανάλυση του γενετικού υλικού τους αλλά και μέθοδοι οποίες βασίζονται στην ταυτοποίηση πρωτεϊνών, οι οποίες εκφράζονται από τα γενετικώς μετασχηματισμένα γονίδια, που αυτοί φέρουν. Οι μέθοδοι αυτές, αφορούν, κυρίως, την τεχνική PCR και την ELISA, αντίστοιχα. Υπάρχουν βέβαια περισσότερες μέθοδοι, με κάποιες από αυτές να απαιτούν κόστος, χρόνο και εξειδικευμένο προσωπικό, όπως είναι οι Αλληλούχιση Επόμενης Γενιάς, η ανάλυση κατά Southern και η RT-PCR, ενώ κάποιες άλλες να δίνουν αποτελέσματα άμεσα και με μικρό κόστος όπως η Lamp-PCR και οι Ταινίες Ανοσοχρωματογραφίας. Η παρούσα μελέτη συγκεντρώνει αυτές τις μεθόδους και τεχνικές και μέσα από την αναλυτική περιγραφή τους και την πειραματική εφαρμογή τους, στην ανίχνευση γενετικώς τροποποιημένων ποικιλιών βάμβακος, τις κατατάσσει και τις αξιολογεί με βάση τα χαρακτηριστικά τους. 

Cotton is an important crop for humans, since it utilizes its fibers and by-products for clothing and nutrition. Transgenically modified cotton, created and cultivated for the first time, in 1996 in Australia. Since then, several varieties of genetically modified cotton have been created, with resistance to abiotic factors, such as drought and high temperatures, or to biotic factors, such as insect enemies. These varieties are cultivated mainly in Third World countries, such as India and Mexico, while their introduction to the European Union still requires time. Therefore, there is a need to detect and locate these varieties as well as their products. For this purpose, molecular methods have been developed, which are based on the identification of genetically modified organisms, from the analysis of their genetic material, as well as methods based on the identification of proteins, which are expressed by the genetically transformed genes that they carry. These methods mainly concern the PCR and ELISA techniques respectively. There are of course more methods, with some of them requiring cost, time and specialized personnel, such as Next Generation Sequencing, Southern analysis and RT-PCR, while some others give results immediately and at low cost such as Lamp- PCR and Immunochromatography Strips. The present study brings together these methods and techniques and through their detailed description and experimental application in the detection of genetically modified cotton varieties, ranks and evaluates them based on their characteristics.