Προσδιορισμός Βιοδεικτών από κυτταρικές σειρές Γαστρικού Καρκίνου για Πρόγνωση και Διάγνωση μέσω Βιοπληροφορικής ανάλυσης

Identification of Biomarkers in Gastric Cancer cell lines for Prognosis and Diagnosis via Bioinformatic analysis (Αγγλική)

  1. MSc thesis
  2. ΕΛΕΝΗ ΖΕΜΠΑΣΙΗ
  3. Βιοπληροφορική και Νευροπληροφορική (ΒΝΠ)
  4. 17 Φεβρουαρίου 2024
  5. Ελληνικά
  6. 71
  7. Γεώργιος Δημητρακόπουλος
  8. Γαστρικός Καρκίνος, Γενομική, Βιοπληροφορική, Βιοδείκτες, Έκφραση Γονιδίων
  9. Διπλωματική
  10. 1
  11. 50
    • Ο γαστρικός καρκίνος αφορά διαφόρου τύπου κακοήθειας στο στομάχι και χαρακτηρίζεται από την μη-έγκαιρη διάγνωση του, αφού η συμπτωματολογία δεν επιδεινώνεται μέχρι ο ασθενής να φτάσει σε μεταγενέστερο στάδιο και μεταστατικό. Υπάρχοντα δεδομένα τοποθετούν τον καρκίνο του στομάχου ψηλά στη λίστα επικινδυνότητας με θνησιμότητα κάτω από 5 χρόνια. Υποσχόμενες βιοπληροφορικές μελέτες έχουν ως στόχο την πρόγνωση και τη διάγνωση του καρκίνου από τα πρώτα στάδια, εντοπίζοντας τους ανάλογους βιοδείκτες και υποδεικνύοντας τις αντίστοιχες θεραπείες. Σκοπός αυτής της μελέτης ήταν η συλλογή υφιστάμενων δεδομένων από δείγματα γαστρικού καρκίνου και η σύγκριση μεταξύ τους αλλά και με υγιή δείγματα, για τον εντοπισμό μοριακών βιοδεικτών και η ανάλυση της έκφρασης γονιδίων, χρησιμοποιώντας τα αντίστοιχα βιοπληροφορικά εργαλεία. Προσδοκώμενα αποτελέσματα από τη μελέτη είναι ο εντοπισμός γενετικών διαφορών μεταξύ των δειγμάτων, διαφορές στην έκφραση των γονιδίων και έπειτα μετατροπές στις λειτουργίες των βιοσυστημάτων. Τα δείγματα λήφθηκαν από τη βάση δεδομένων NCBI (Gene Expression Omnibus – GEO), αναλύθηκαν μέσω της γλώσσας προγραμματισμού R και του εργαλείου DESeq, έπειτα μέσω της πλατφόρμας DAVID και NetworkAnalyst. Απομονώθηκαν τα γονίδια που παρουσίασαν διαφορές στην έκφραση τους, συγκριτικά με τα υγιή και εξετάστηκε η σχετικότητα τους με το γαστρικό καρκίνο. Συμπέρασμα, βάση των δειγμάτων που αναλύθηκαν αποτελεί η εύρεση γονιδίων που συμβάλουν στη λειτουργία των μονοπατιών σηματοδότησης στον καρκίνο του στομάχου.

    • Gastric cancer comprises different types of malignancies in the stomach and is characterized by its late diagnosis, since severe and noticeable symptoms appear when the patient reaches a later and metastatic stage. Existing data place stomach cancer high on the risk list with a mortality rate less than 5 years. Promising bioinformatics studies aim at the prognosis and diagnosis of cancer from the earlier stages, identifying the corresponding biomarkers and indicating the relative treatment options. The purpose of this study was to collect existing data from gastric cancer samples and compare them with each other and with healthy samples, to identify molecular biomarkers and analyse gene expression, using the corresponding bioinformatics tools. Expected results from the study are the identification of genetic differences between the samples, gene expression modifications and then alterations in the functions of the biosystems. Samples were retrieved from the NCBI (Gene Expression Omnibus – GEO) database, analysed using the R programming language and the DESeq tool, following analyses via DAVID and NetworkAnalyst platforms. The genes that presented differences in their expression, compared to healthy ones, were isolated and their relevance to gastric cancer was examined. In conclusion, based on the samples analysed, some genes that were identified contribute to the functioning of signalling pathways in stomach cancer.

  12. Hellenic Open University
  13. Αναφορά Δημιουργού 4.0 Διεθνές