The alignment of sequences is one of the most significant pursuits in the field of
Bioinformatics. Its applications are numerous in various domains such as Medicine and
Molecular Biology. These include comparisons of genomes from different organisms, aiming to detect common evolutionary paths and shared characteristics. Additionally, its contributionis noteworthy in finding similarities between different proteins and providing information about their tertiary structure and function.

NaviX is a novel algorithm designed to optimize the time and memory required for findingthe optimal global alignment of two nucleotide sequences. It is based on the detection ofrandom alignments between the sequences and subsequently discards alignments that negatively impact the alignment score. As a result, it generates alignments with a score deviation that follows a linear increase proportional to the length of the sequences. The memory used by NaviX also increases with the length of the sequences but at a relatively low rate, while the time significantly increases for longer sequences.

Η στοίχιση αλληλουχιών αποτελεί μία από τις σημαντικότερες επιδιώξεις για την επιστήμη της Βιοπληροφορικής. Οι χρήσεις της είναι πολυάριθμες σε διαφόρους τομείς, όπως η Ιατρική και η Μοριακή Βιολογία, ενώ περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων, συγκρίσεις των γονιδιωμάτων διαφορετικών οργανισμών, με στόχο την ανίχνευση κοινής εξελικτικής πορείας και κοινών χαρακτηριστικών. Επίσης, η προσφορά της είναι αξιοσημείωτη, όσον αφορά την εύρεση ομοιοτήτων μεταξύ διαφορετικών πρωτεϊνών λαμβάνοντας έτσιπληροφορίες για την τριτοταγή δομή και τη λειτουργία τους.
Ο NaviX είναι ένας νέος αλγόριθμος, ο οποίος δημιουργήθηκε με στόχο την βελτιστοποίηση του χρόνου και της μνήμης, τα οποία απαιτούνται για την εύρεση της βέλτιστης ολικής στοίχισης δύο νουκλεοτιδικών αλληλουχιών. Βασίζεται στην ανίχνευση τυχαίων στοιχίσεων μεταξύ των αλληλουχιών και απορρίπτει, στη συνέχεια, τις στοιχίσεις, που επηρεάζουν αρνητικά το σκορ του. Ως αποτέλεσμα, παράγει στοιχίσεις με το σκορ να παρουσιάζει απόκλιση, που ακολουθεί γραμμική αύξηση ανάλογη με το μήκος των αλληλουχιών. Ημνήμη, που χρησιμοποιεί ο NaviX αυξάνεται, επίσης παράλληλα με το μήκος τωναλληλουχιών, αλλά με αρκετά χαμηλό ρυθμό, ενώ αντίθετα ο χρόνος, σε αλληλουχίες μεγάλου μήκους, αυξάνεται σημαντικά.