Τα βιολογικά συστήματα μπορούν να περιγραφούν σαν μοντέλα με μαθηματικές εξισώσεις
και έτσι μπορούμε λύνοντας τα μαθηματικά να προβλέψουμε τι θα κάνουν μελλοντικά. Αυτό
είναι οι βιοπροσομοιώσεις και φαίνεται να υπόσχονται πολλές ανακαλύψεις. Όμως, η
προσπάθεια κατανόησης και επαναχρησιμοποίησης αυτών των μοντέλων είναι δύσκολη για
λόγους που ποικίλλουν. Μπορεί να χρησιμοποιούνται άλλες λέξεις για το ίδιο νόημα ή ακόμα
και η γνώση για το αντικείμενο να είναι λειψή. Για αυτό το λόγο έχουν δημιουργηθεί
πρότυπα και εργαλεία ούτως ώστε όλοι να ακολουθούν τα ίδια βήματα και τεχνικές όταν
περιγράφουν ένα βιολογικό μοντέλο που θα χρησιμοποιηθεί σε μια προσομοίωση και αυτά
μελετάμε σε αυτή την εργασία.
Στο πρώτο μέρος αυτής της εργασίας παρουσιάζεται εισαγωγικά η πορεία που είχαν μέχρι
΄τωρα τα βιολογικά μοντέλα και οι προσομοιώσεις τους, ενώ αναφέρεται το πρόβλημα που
μελετάμε στη εργασία και πως το προσεγγίζουμε. Στο δεύτερο μέρος, παρουσιάζονται τα
συστήματα περιγραφής βιολογικών συστημάτων που περιλαμβάνουν τις γλώσσες
περιγραφής μοντέλων, τα αποθετήρια τους και τα προγράμματα που κάνουν χρήση αυτών.
Τέλος, στο τρίτο μέρος, σχολιάζονται τα συμπεράσματα απο τη παραπάνω παρουσίαση και
αποτολμείται μια πρόβλεψη.

Biological systems can be described as models with mathematical equations, allowing us to
predict their future behavior if we solve the math. This is the field of biophysical simulations,
which holds the promise of numerous discoveries. However, understanding and reusing these
models is challenging due to various reasons. Different terms may be used to describe the
same concept, or there can even be limited knowledge about the subject. For this reason,
standards and tools have been developed to ensure that everyone follows the same steps and
techniques when describing a biological model to be used in a simulation, and these are
studied in this work.
The first part of this dissertation provides an introductory overview of the history of
biological models and their simulations, while addressing the problem under investigation
and the approach taken. The second part presents the systems for describing biological
systems, including model description languages, their repositories, and the software
programs that utilize them. Finally, the third part discusses the conclusions drawn from the
above presentation and ventures into a prediction.