Η ανακάλυψη και η χρήση μεθόδων αλληλούχισης σε μεγάλη κλίμακα έγινε επιτακτική ανάγκη κατά την διάρκεια της αλληλούχισης του ανθρώπινου γονιδιώματος. Έκτοτε οι τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) που χρησιμοποιούνται έχουν βελτιωθεί εξαιρετικά. Παράλληλα η ανάπτυξη σύγχρονων βιοπληροφορικών συστημάτων και η διαχείριση μεγάλου όγκου δεδομένων, έχουν επιτρέψει την εφαρμογή του NGS σε ποικίλα πεδία. Η αλληλούχιση του εντερικού μικροβιώματος παρέχει πολλές σημαντικές πληροφορίες για την εμφάνιση, την διάγνωση και την θεραπεία διαφόρων ασθενειών, όπως οι φλεγμωνώδεις νόσοι του εντέρου και ο καρκίνος παχέος εντέρου. Επιπλέον η αλληλούχιση ολόκληρων γονιδιωμάτων (WGS), η αλληλούχιση εξωνίων (WES), η αλληλούχιση RNA και η χρήση πάνελ αλληλούχισης στοχευμένων γονιδίων, συμβάλλουν σημαντικά στην διαχείριση του καρκίνου του παχέος εντέρου. Πλέον οι μέθοδοι NGS χρησιμοποιούνται και στην κλινική πράξη, παρά το αρχικό, υψηλό κόστος, συγκριτικά με άλλες παραδοσιακές μεθόδους, αφού παρέχουν πολύ σημαντικά πλεονεκτήματα. Σε αυτή την εργασία παρουσιάζονται οι εξελίξεις και οι καινοτομίες των τεχνολογιών NGS και της μετέπειτα βιοπληροφορικής ανάλυσης  την τελευταία  δεκαετία, στο πεδίο του καρκίνου του παχέος εντέρου και στην ταυτοποίηση της μικροχλωρίδας του εντέρου.

The discovery and use of large-scale sequencing methods was of utmost importance in completion of Human Genome Project. Since then, next generation sequencing (NGS) technologies have tremendously improved. In addition to that, many applications of NGS, in various fields, have emerged, due to the development of bioinformatics. Intestinal microbiome sequencing, provides many important insights on development, diagnosis and therapeutic approaches in a variety of disorders, such as inflammatory bowel diseases and colon cancer. Moreover, whole genome sequencing (WGS), whole exome sequencing (WES), RNA sequencing and targeted gene panel sequencing have significantly contributed to colon cancer management. Nowadays, NGS technologies are utilized even in clinical practice, despite the initial high cost, compared to other traditional methods. This study presents the developments and innovations of NGS technologies and subsequent bioinformatic analysis over the past decade, in the field of colon cancer and gut microbiota identification.