Σε αυτή την εργασία αναφέρονται τα βιοπληροφοριακά εργαλεία και αξιολογούνται εκείνα που μπορούν να αναπτυχθούν ώστε να επιτυγχάνεται ο προσδιορισμός των μη κωδικών μορίων RNA είτε μέσω δομής, είτε μέσω νουκλεοτιδικής αλληλουχίας. Τα τελευταία απαρτίζουν μια ιδιόμορφη κατηγορία νουκλεϊκών οξέων. Η ιδιομορφία τους αυτή εστιάζεται στο γεγονός ότι παρόλο που τυπικά στερούνται την ικανότητα κωδικοποίησης πρωτεϊνών, ωστόσο, αποτελούν μόρια με εντυπωσιακούς ρυθμιστικούς ρόλους στη φυσιολογία του κυττάρου. Στα μη κωδικά μόρια RNA αποδίδονται ποικίλοι ρόλοι, όπως η συμμετοχή στην τροποποίηση της χρωματίνης και ο έλεγχος της γονιδιακής έκφρασης γονιδίων, που φέρουν την πληροφορία για την κωδικοποίηση πρωτεΐνης. Υπό αυτό το πρίσμα γίνεται λόγος στις υφιστάμενες βάσεις βιοπληροφορικών δεδομένων. Αναλύονται οι αλγόριθμοι πρόβλεψης που έχουν αναπτυχθεί για την ανίχνευσή τους, αναλύονται διεξοδικά και στην συνέχεια συγκρίνονται και αξιολογούνται. Αναφέρονται οι δυσκολίες στον εντοπισμό των μη κωδικών μορίων RNA και πως αυτές ξεπερνιούνται. Εισάγεται και αναλύεται η έννοια του βιοδείκτη καθώς και ο ρόλος των μη κωδικών μορίων RNA ως βιοδείκτες. Συνδέεται η έννοια των μη κωδικών μορίων RNA και των βιοδεικτών, επισημαίνοντάς έτσι την σημασία τους στην κλινική εφαρμογή. Αναφέρεται ο πολλαπλός ρόλος των βιοδεικτών σε ασθένειες όπως στην πρόγνωση, την διάγνωσή ή ακόμη και ο προσανατολισμός σε θεραπευτικούς στόχους. Αναλύεται ο ρόλος των βιοδεικτών σε όλα τα προαναφερθέντα στάδια στον καρκίνο καθώς και οι δυνητικές εφαρμογές των βιοδεικτών σε άλλες ασθένειες.
In this paper, bioinformatic tools are reported and those that can be developed to achieve the identification of non-coding RNA molecules either through structure or nucleotide sequencing are evaluated. The latter constitute a peculiar class of nucleic acids. This peculiarity focuses on the fact that although they typically lack the ability to encode proteins, they are nevertheless molecules with impressive regulatory roles in cell physiology. Non-coding RNA molecules are assigned a variety of roles, such as involvement in chromatin modification and control of gene expression of genes that carry the information for protein coding. It is in this light that existing bioinformatics databases are discussed. The prediction algorithms developed for their detection are analyzed, thoroughly analyzed and then compared and evaluated. The difficulties in detecting non-coding RNA molecules and how they are overcome are mentioned. The concept of biomarker and the role of non-coding RNA molecules as biomarkers is introduced and analysed. The concept of non-coding RNA molecules and biomarkers is linked, highlighting their importance in clinical application. The multiple roles of biomarkers in diseases such as in prognosis, diagnosis or even targeting therapeutic goals are mentioned. The role of biomarkers in all the aforementioned stages in cancer as well as the potential applications of biomarkers in other diseases are analysed.<span class="Apple-converted-space"> </span></p>
<p> </p>
