Οι ιοί είναι πανταχού παρόντες στο περιβάλλον. Πολλοί από αυτούς δεν προκαλούν επιβλαβείς επιπτώσεις στους ξενιστές τους οποίους μολύνουν. Παρόλα αυτά, δύναται μερικές κατηγορίες ιών να είναι παθογόνοι για τον ανθρώπινο και όχι μόνο οργανισμό προκαλώντας τους ποικίλες δυσμενείς επιπτώσεις. Αυτή η αόρατη απειλή και το γεγονός ότι πολλοί ιοί μπορούν να μεταλλαχθούν γρήγορα, εγείρει την ανάγκη πρόληψης αλλά και την δημιουργία σύγχρονων διαγνωστικών εργαλείων . Σε αυτή την κατηγορία ανήκουν οι δημοφιλείς πλέον μοριακοί μέθοδοι ανίχνευσης νουκλεϊκού οξέος (DNA, RNA) όπως αυτές της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης (PCR), της ποσοτικής qRT-PCR, της ισοθερμικής ενίσχυσης της δοκιμασίας LAMP, εξαιτίας της ταχείας αναγνώρισης μιας ιογενούς λοίμωξης απευθείας από την πηγή. Όσο αναφορά την ανίχνευση με την μέθοδο του νουκλεϊκού οξέος γενικά προσφέρει υψηλή ευαισθησία, αλλά είναι χρονοβόρα, δαπανηρή και απαιτεί εξειδικευμένο προσωπικό. Εναλλακτικά, οι ανοσολογικές δοκιμασίες όπως η μέθοδος του ανοσοφθορισμού (IF), της ανοσοενζυμικής μεθόδου ELISA, της κυτταρομετρίας ροής αποτελούν αξιόπιστες και μη κοστοβόρες μέθοδοι. Ακόμα, ορισμένοι ανοσολογικοί τύποι δοκιμασιών δύναται να παράγουν γρήγορα και έγκυρα αποτελέσματα. Παρόλα αυτά δεν μπορούν να παρέχουν την υψηλή ευαισθησία ανίχνευσης που πετυχαίνουν οι σύγχρονες μοριακές μέθοδοι. Σε αυτή την εργασία επίσης θα αναλυθούν τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της εκάστοτε μεθόδου, ώστε να γίνει κατανοητό με βάση και τις δημοσιεύσεις της ιατρικής κοινότητας , ποιες μέθοδοι δύναται να δώσουν γρήγορα και ασφαλή συμπεράσματα στην ανίχνευση των ιών. Εν κατακλείδι , ιδιαίτερη αναφορά θα γίνει στο σύγχρονο διαγνωστικό εργαλείο της αλληλούχησης νέας γενιάς ( NGS, Next generation sequencing), και στην ικανότητα αλληλούχησης πολλών ιικών γονιδιωμάτων, με συνέπεια να παρέχει βελτιωμένες πληροφορίες στους διάφορους ερευνητές για την ανίχνευση λοιμώξεων.
Viruses are ubiquitous in the environment. Many of them do not cause harmful effects on the hosts they infect. However, some classes of viruses may be pathogenic to the human and not only to the organism causing various adverse effects. This invisible threat and the fact that many viruses can mutate quickly raise the need for prevention and the creation of modern diagnostic tools. This category includes the most popular molecular nucleic acid (DNA, RNA) detection methods such as polymerase chain reaction (PCR), quantitative qRT-PCR, isothermal amplification of the LAMP assay, due to the rapid identification of a viral infection directly from the source. As far as the detection of nucleic acid in general offers high sensitivity, it is time-consuming, expensive and requires qualified staff. Alternatively, immunoassays such as immunofluorescence (IF) method, immunoenzymatic ELISA method, flow cytometry are reliable and non-cost-effective methods. Furthermore, some immunoassay types can produce rapid and validated results. However, they cannot provide the high sensitivity of detection of modern molecular methods. This work will also analyze the advantages and disadvantages of the method in order to understand, on the basis of community publications, what methods can quickly and safely draw conclusions from the detection of viruses. In conclusion, particular reference will be made to the modern diagnostic next generation sequencing (NGS) tool, and to the ability to sequence many viral genomes, thereby providing improved information to the various investigators to detect infections.
Διπλωματική εργασία