Η λοίμωξη από τον ιό SARS-CoV-2 προκαλεί την COVID-19 νόσο, η οποία παρουσιάζει ένα ευρύ φάσμα κλινικών εκδηλώσεων που κυμαίνεται από την ασυμπτωματική φορεία του ιού έως βαριά πνευμονία, σύνδρομο αναπνευστικής δυσχέρειας και θάνατο. Το μικροβίωμα της αναπνευστικής οδού αποτελεί ρυθμιστή της πορείας και της κλινικής έκβασης αρκετών λοιμώξεων του αναπνευστικού συστήματος όπως για παράδειγμα η γρίπη, εγείροντας το ερώτημα σε ποιο βαθμό επηρεάζει και την τελική έκβαση της COVID-19 λοίμωξης. Στόχος της συγκεκριμένης μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ήταν ο προσδιορισμός και ο ταξινομικός χαρακτηρισμός του φαρυγγικού μικροβιώματος σε ασθενείς με COVID-19 λοίμωξη και η ανεύρεση πιθανών διαφορετικών μικροβιακών πληθυσμών που συνδέονται με τη βαρύτητα των συμπτωμάτων της νόσου, καθώς επίσης και η μελέτη του αντίκτυπου που μπορεί να έχουν οι παραλλαγές του SARS-CoV-2 στη διαμόρφωση του φαρυγγικού μικροβιώματος. Στην παρούσα εργασία διαπιστώθηκε ότι το φαρυγγικό μικροβίωμα παρουσίαζε διαφορές στη σύνθεση του σε όλα τα ταξινομικά επίπεδα ανάλογα με τη βαρύτητα των συμπτωμάτων της COVID-19 λοίμωξης, όπως επίσης και ανάλογα με την παραλλαγή του κορονοϊού που προκαλούσε τη νόσο. Στο φάρυγγα των ασθενών της μελέτης ανευρέθηκαν μικροβιακά είδη που θα μπορούσαν να συμβάλλουν στη διάκριση της βαρύτητας της COVID-19 λοίμωξης, όπως και στη διάκριση της παραλλαγής του ιού που προκαλούσε τη νόσο. Τέλος, με την εφαρμογή του προγράμματος Rhea έγινε δυνατή η κατάταξη των ασθενών της μελέτης σε πέντε διαφορετικούς τύπους/προφίλ φαρυγγικού μικροβιώματος.

SARS-CoV-2 infection causes COVID-19 disease, which can result in a variety of clinical manifestations ranging from asymptomatic carriage of the virus to severe pneumonia, respiratory distress syndrome, and death. The respiratory tract microbiome is thought to be a major regulator of the course and clinical outcome of several respiratory infections such as influenza, raising the question to what degree does affect the outcome of the COVID-19 infection. The aim of this master's thesis was the determination and the taxonomically characterization of the pharyngeal microbiome in patients with COVID-19 infection and the discovery of possible associations between different microbial populations and the severity of disease symptoms, as well as the study of the impact of SARS-CoV-2 variants in shaping the pharyngeal microbiome. We found that the pharyngeal microbiome presents differences in its composition at all taxonomic levels depending on the severity of the symptoms of the COVID-19 disease, as well on the variant of the coronavirus. In the pharynx of the patients were found microbial species that could help distinguish the severity of the COVID-19 disease, as well as the variant of the virus causing the infection. Finally, the application of the Rhea program, made possible the classification of study patients into five different types/profiles of pharyngeal microbiome.