«scRNAseq : Η νέα πραγματικότητα της γονιδιακής έκφρασης. Ανάλυση και εξαγωγή ρυθμιστικών δικτύων με χρήση της γλώσσας R»

  1. MSc thesis
  2. ΑΓΟΡΑΣΤΟΥ, ΑΦΡΟΔΙΤΗ
  3. Βιοπληροφορική και Νευροπληροφορική (ΒΝΠ)
  4. 14 April 2021 [2021-04-14]
  5. Ελληνικά
  6. scRNAseq | Bioconductor | Genie3 | GRN | benchmark | R
  7. Single cell sequencing, being the latest advance in next generation sequencing technologies, is bringing new insight along with provocative challenges to the -omics- field. Our goal is to highlight those challenges and bring direct attention to the emerging difficulties either in using state-of-art algorithms-for analysis and gene regulatory networks inference- built for previous NGS technologies or in inventing new ones. Finally, we indicate the vast demands in computational power and memory imposed on “handling” scRNAseq data while using R language.
    • Η μεμονωμένη αλληλούχιση του γενετικού υλικού των κυττάρων scRNAseq σε βιολογικά δείγματα είναι η νεότερη τεχνολογία αλληλούχισης, η οποία ανοίγει νέες προοπτικές αλλά και πολλές προκλήσεις. Θα γίνει προσπάθεια να επισημανθούν αυτές οι προκλήσεις και να γίνουν αντιληπτά τα εμπόδια που έχουν προκύψει στη χρήση των υπολογιστικών εργαλείων προηγούμενων τεχνολογιών- για την ανάλυση και την εξαγωγή ρυθμιστικών δικτυών- καθώς και στη προσπάθεια ανακάλυψης νέων. Τέλος θα γίνει ειδική αναφορά στις απαιτήσεις και δυσκολίες που απαντώνται στη διαχείριση των νέων δεδομένων, με τη χρήση της γλώσσας R.
  9. Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Διεθνές