Καθώς οι τεχνολογίες που συνδέονται με τη βιολογική έρευνα εξελίσσονται, έτσι παρέχονται ολοένα και περισσότερες δυνατότητες εξερεύνησης του ανθρώπινου μεταγραφώματος. Κατά επέκταση, το αυξανόμενο βάθος στη συλλογή των μεταγραφωματικών δεδομένων συνεπάγεται εκτός από μεγαλύτερες προκλήσεις και την παραγωγή ενός μεγάλου όγκου πληροφορίας, ο οποίος χρήζει προσεκτικής ανάλυσης.
Στο παρόν κείμενο εξετάζεται η προσέγγιση των δεδομένων αλληλούχισης RNA μεμονωμένων κυττάρων μέσω της ανάπτυξης μιας μεθοδολογίας Διερευνητικής Ανάλυσης Δεδομένων. Για τον σκοπό αυτό παρουσιάζεται ένας συνδυασμός διαφόρων εργαλείων για την αποτελεσματική και αποδοτική επεξεργασία τους. Παράλληλα, γίνεται αναφορά στις σχετικές βιολογικές έννοιες, τους στόχους και τις προκλήσεις των μελετών και τις ροές εργασιών αλληλούχισης, προεπεξεργασίας και ανάλυσης των δεδομένων.
As the technologies associated with biological research evolve, so are more and more opportunities provided to explore the human transcriptome. By extension, the increasing depth in the collection of transcriptomic data implies, in addition to greater challenges, the production of a large amount of information, which needs careful analysis.
This text examines the approach to single cell RNA sequencing data through the development of an Exploratory Data Analysis methodology. For this purpose, a combination of various tools is presented for their effective and efficient processing. At the same time, reference is made to the relevant biological concepts, the goals and challenges of the studies and the workflows of sequencing, preprocessing and analysis of the data.
Διερευνητική Ανάλυση Δεδομένων από τεχνικές single-cell RNA sequencing