H επιβίωση και οι αντιδράσεις ενός οργανισμού στις καταστάσεις που αντιμετωπίζει καθορίζονται και ξεκινούν σε κυτταρικό επίπεδο, από τη μεταβολή της έκφρασης των γονιδίων του. Επομένως, είναι σημαντικό να αναγνωριστεί η αλληλουχία αυτής της μεταβολής, καθώς και τα γονίδια που την επηρεάζουν σε μεγαλύτερο βαθμό. Στην παρούσα διπλωματική εργασία παρουσιάζεται η μέθοδος RNRank, που συνίσταται στην επικαιροποίηση και επέκταση μίας παλαιότερης μεθόδου (RNEA) για την εξαγωγή δικτύων μεταγραφικής ρύθμισης από πειράματα γονιδιακής έκφρασης, στην ανάπτυξη μιας παραλλαγής του αλγορίθμου PageRank για την κατάταξη των γονιδίων κατά σπουδαιότητα και στον εντοπισμό χαρακτηριστικών μοτίβων σε αυτά τα δίκτυα. Παράλληλα, παρουσιάζεται ενδεικτικά μια ανάλυση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης με αυτήν την μέθοδο.
Survival and reactions of an organism to the situations it faces are determined and start at the cellular level, by changes in the expression of its genes. Therefore, it is important to recognize the sequence of these changes, as well as the genes that affect it to a greater extent. This dissertation presents the RNRank method, which consists of updating and extending an older method (RNEA) for extracting transcriptional regulation networks from gene expression experiments, developing a variant of the PageRank algorithm for classifying genes and locating characteristic patterns in these networks. At the same time, an analysis of gene expression data by this method is presented.
Εξαγωγή και ανάλυση δικτύων μεταγραφικής ρύθμισης από πειράματα γονιδιακής έκφρασης και προτεραιοποίηση γονιδίων-κόμβων