Η σχεδόν αποδεδειγμένη συσχέτιση που υπάρχει μεταξύ διαφοροποιήσεων του ανθρώπινου μικροβιώματος και διάφορων παθολογικών ή μη καταστάσεων καθιστά επιτακτική την ανάγκη για την δημιουργία νέων εργαλείων και μεθόδων με στόχο την καλύτερη επεξεργασία και ανάλυση τέτοιου είδους δεδομένων. Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι να προτείνει και να παρουσιάσει μια νέα προσέγγιση ως προς τον τρόπο με τον οποίο θα μπορούσαν να συγκρίνονται μεταξύ τους δεδομένα διαφορετικών μικροβιακών προφίλ. Σύμφωνα με αυτή την νέα μέθοδο, τα δείγματα από την ομάδα αναφοράς δεν αντιμετωπίζονται ως μια ενιαία και συμπαγής ομάδα, αλλά χωρίζονται σε ένα κατάλληλο αριθμό υπό-ομάδων. Για κάθε μια από τις ομάδες αυτές επιλέγεται ένα αντιπροσωπευτικό δείγμα, και ακολούθως όλα τα υπό διερεύνηση δείγματα συγκρίνονται αποκλειστικά και μόνο το σύνολο αυτών των σημείων. Στην συνέχεια της εργασίας παρουσιάζεται λεπτομερώς ένα αυτοματοποιημένο εργαλείο που αναπτύχθηκε ώστε εφαρμόζει την παραπάνω μέθοδο. Τέλος τόσο η αποτελεσματικότητα του εργαλείου όσο και της μεθόδου αξιολογούνται χρησιμοποιώντας πραγματικά δεδομένα υγειών και ασθενών ατόμων. Τα αποτελέσματα της παραπάνω δοκιμής έδειξαν ότι με τη χρήση της νέας αυτής προσέγγισης αλλά και του προτεινόμενου εργαλείου παράγονται αποτελέσματα που μπορούσαν να μας αποκαλύψουν την πραγματική σχέση που παρουσιάζουν μεταξύ τους οι διάφορες ομάδες δειγμάτων.
The impact of the human microbiome on health has become more apparent over the last few years. A significant amount of research has been focused these days on how disturbed microbial communities can influence our wellbeing. In the context of this master’s thesis, a new approach for the analysis of these microbiome data has been proposed. According to this new method, the samples of the reference group are partitioned into the appropriate number of clusters and then a representative sample for every cluster is selected. Subsequently, the samples under study are compared only with the preselected and representative samples of the reference group. The most important benefit of the above procedure is that every sample of the testing group is compared only to the samples that are relevant to it. Afterward, a tool that was developed to apply the aforementioned method to real microbiome data is presented. Both the proposed method and the newly developed tool were assessed by using actual data from healthy and diseased individuals. The final outcomes of the above procedure showed that the combined use of the suggested approach and the tool generated results that reveal the true relationship existing between the different groups of samples.
Σύγκριση μικροβιακών προφίλ δειγμάτων αναφοράς και δοκιμής, λαμβάνοντας υπόψη την εσωτερική τους οργάνωση