Χωρική οργάνωση της γονιδιακής έκφρασης σε συστήματα κυτταρικής διαφοροποίησης και αυτοάνοσων νοσημάτων

Spatial organization of gene expression in systems of cellular differentiation and autoimmune diseases (english)

  1. MSc thesis
  2. Θεμιστοκλής, Κύργος
  3. Βιοπληροφορική και Νευροπληροφορική (ΒΝΠ)
  4. 23 July 2022 [2022-07-23]
  5. Αγγλικά
  6. 43
  7. Νικολάου, Χριστόφορος
  8. Γιαννακάκης, Γεώργιος | Βλάμος, Παναγιώτης
  9. gene regulation | spatial genome organization | TCF3 | functional analysis | γονιδιακή ρύθμιση | χωρική οργάνωση γονιδιώματος | TCF3 | λειτουργική ανάλυση
  10. 2
  11. 14
  12. Περιέχει : πίνακες, διαγράμματα, εικόνες
    • Η σημασία της χωρικής κατανομής των γονιδίων και των περιοχών γονιδιακής ρύθμισης στο γονιδίωμα ενός οργανισμού έχει δει αυξημένο ενδιαφέρον σε έρευνες στους τομείς της γενετικής και επιγενετικής. Σε αυτή την διπλωματική εργασία επιχειρούμε μία ανάλυση των χωρικών χαρακτηριστικών της γονιδιακής έκφρασης μεταξύ διαφορετικών χρονικών σημείων σε εμβρυονικά κύτταρα ποντικών εκτεθειμένα σε TCF3. Η μεθοδολογία που χρησιμοποιήθηκε βασίστηκε σε δημοσιευμένη εργασία πάνω στο ίδιο θέμα. Η ανάλυση περιλαμβάνει τον διαχωρισμό των γονιδίων σε διαφορετικές κατηγορίες βάσει της έκφρασής τους στον χρόνο, την λειτουργική ανάλυση σε υπερεκφραζόμενα και υποεκφραζόμενα γονίδια, την αναγνώριση περιοχών συγκεντρωτικής ρύθμισης/απορρύθμισης και μία ανάλυση δικτύων μεταξύ γονιδίων και λειτουργικών κατηγοριών στα διαφορετικά χρονικά σημεία.
    • The importance of the spatial distribution of genes and gene regulation areas in an organism's genome has seen an increased interest in studies in the fields of genetics and epigenetics. In this dissertation we attempt an analysis of the spatial characteristics of gene expression between different time points in mice embryonic cells exposed to TCF3. The methodology used was based on previous published work on the same subject. The analysis includes a separation of genes in different categories based on their expression’s behavior over time, the functional analysis in over-expressed and under-expressed genes, the identification of domains of focal regulation/deregulation and a network analysis between genes and functional categories in different time points.
  14. Αναφορά Δημιουργού 4.0 Διεθνές